Analisis Genetik Gen KiSS1 pada Kambing Berdasarkan Sekuen DNA GenBank

Abstrak

Gen KiSS1 merupakan kandidat gen yang berpengaruh pada sifat reproduksi kambing. Tujuan penelitian ini untuk identifikasi SNP, perubahan asam amino dan phylogenetic tree kambing berdasarkan data sekuen DNA gen KiSS1 GenBank. Dua puluh sekuen DNA gen KiSS1 yang terdiri dari 17 kambing dan 3 domba yang diambil dari data GenBank NCBI. Data sekuen DNA KiSS1 disejajarkan menggunakan BioEdit untuk mengetahui lokasi SNP dan perubahan asam amino. Phylogenetic tree dibuat menggunakan fitur di NCBI. Berdasarkan hasil penjajaran sekuen DNA gen KiSS1 pada 2 kelompok daerah sekuen, terdapat 22 SNP yang terdiri dari 7 SNP di 5’UTR, 13 SNP di Intron 1 dan 2 SNP di ekson 2. Dua SNP yang ditemukan pada ekson bersifat silent mutation. Phylogenetic tree menunjukkan bahwa gen KiSS1 kambing berkumpul pada satu branch kemudian diikuti dengan gen KiSS1 domba pada branch yang berbeda. Hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai informasi dasar untuk melakukan studi lanjutan yaitu studi asosiasi SNP gen KiSS1 dengan sifat reproduksi pada kambing.